Les trois royaumes d’Allada, de Porto-Novo et de Dã Homè -dans le ventre du roi Dã- furent fondés par les Fons (qui occupent le sud du pays). Le nom de Dahomey fut donné à l’ensemble du pays après la conquête française. Autrefois, la fille du roi de la ville de Tado (sur le fleuve Mono) fut fécondé par un léopard, alors qu'elle allait puiser de l'eau. Le fils qu'elle mit au monde est le fondateur de toute la dynastie.

Ses descendants fondèrent un royaume à Allada au XVIe siècle. Le siècle suivant, trois frères se disputèrent le trône ; le premier, Kopkon garda le royaume d'Allada, le deuxième, Do-Aklin fonda Abomey et le troisième, Adjatché qui devint plus tard Porto-Novo. Le royaume d'Abomey fut fondé en 1625, mais c'est entre 1645 et 1685 qu'il devint un état puissant. Le roi Houegbadja, petit fils de Do-Aklin, voulut annexer un état voisin dont le roi, Dã, le défia de s'installer sur son ventre. Dã fut défait, décapité à Abomey et son corps fut jeté dans les fondations du Palais qui était alors en construction. Dã Homè était né.

Au 18e siècle, Allada et Ouidah où existaient des forts européens furent annexés. C'est le roi Guézo qui consolida le royaume en attaquant régulièrement les Yorubas au Nigeria, ce qui lui procurait des esclaves. Son successeur, le roi Glélé, irrita cependant les français par son attitude belliqueuse et par la part active qu'il prenait dans la traite des noirs. Par le traité de 1863, il autorisa les français à s'installer à Cotonou.

Mais la présence de ceux-ci entravait la traite des noirs et le roi Béhanzin leur fit la guerre. Le Traité de Ouidah qui plaçait Porto-Novo et Cotonou sous tutelle française fut signé en octobre 1890. Ce même traité prévoyait le versement par la France d'une pension au roi du Dahomey. Le roi Béhanzin ne s'en contenta pas et repris ses raids. Il fut cependant défait en 1892 par le colonel Alfred-Amédée Dodds et dut prendre la fuite. Abomey devint alors un protectorat français et Béhanzin fut déporté en 1894. Allada et Porto-Novo, eux aussi placés sous protectorat, formèrent avec Abomey la colonie du Dahomey.

Au début du 20e siècle, les trois royaumes cessent d'être autonomes et sont confondus dans un ensemble divisé en cercles gérés par des administrateurs et cantons gérés par des chefs africains. Pendant la Première Guerre mondiale, des troubles éclatent dans le nord du pays après l'envoi de troupes autochtones sur le front européen.

À la fin de la guerre, la colonie se structure : les moyens de communication se développent, la production agricole se rationalise et la scolarisation augmente. Sous l'influence de missions catholiques et protestantes d'une part, de l'enseignement laïque d'autre part, un enseignement primaire et secondaire se met en place. Intégrés dans l'Afrique Occidentale Française -AOF, les dahoméens entrent dans la fonction publique et servent dans d'autres territoires de la fédération ; le pays est alors souvent qualifié de Quartier Latin de l'Afrique. Après la 2ème guerre, les dahoméens deviennent citoyens français et élisent des représentants à l'Assemblée Nationale, au Conseil de la République et au Conseil de l'Union Française. Les forces politiques du territoire se développent, le Dahomey opte pour le statut d'État membre de la Communauté et la République est proclamée le 4 décembre 1958.

De nombreuses crises politiques valent à la république une forte instabilité constitutionnelle. Les trois principaux partis politiques qui ont chacun une base régionale et ethnique cohabitent en effet difficilement. En 1959, la Constitution du 15 février, première du pays, s’inspire de la Constitution française de 1958. Comme beaucoup de pays africains, le Dahomey accède à l’indépendance en 1960, le 1er août, et une nouvelle constitution est adoptée. Pour éviter les effets néfastes du tripartisme dahoméen, un parti unique (Parti Dahoméen de l’Unité) est formé, mais des troubles sociaux et politiques entraînent le coup d’état militaire du Colonel Soglo (28 octobre 1963). En janvier 1964, le pays revient à la gestion civile. Sourou Migan Apithy puis Justin Ahomadegbe assurent les fonctions de président, mais une nouvelle crise politique conduit les militaires à reprendre le pouvoir. Le Général Soglo préside alors un Comité de rénovation nationale qui entreprend d’assainir l’économie et les finances du pays, mais des grèves éclatent en 1967. le gouvernement est renversé le 17 décembre par le commandant Maurice Kouandete qui met en place un comité révolutionnaire chargé de superviser l’action du gouvernement provisoire, de constituer une commission constitutionnelle et de contrôler les biens des anciens gouvernants. la nouvelle Constitution, approuvée le 31 mars 1968, établit un régime de type présidentiel. Emile Derlin Zinsou devient président, mais est renversé par un nouveau coup d’état qui le remplace par une direction militaire le 10 décembre 1968. Un Conseil présidentiel composé des trois partis traditionnels est instauré le 7 mai 1970 ; il met en place une organisation qui doit permettre la cohabitation des trois chefs des partis traditionnels.

Mais le 26 octobre 1972, le commandant Mathieu Kérékou prend le pouvoir et établit un gouvernement militaire révolutionnaire. Le pays devient République Populaire du Bénin, adhère au marxisme-léninisme et le Parti de la révolution populaire du Bénin (PRPB) est créé. À l’instigation de Mathieu Kérékou devenu colonel, une nouvelle constitution est adoptée le 9 septembre 1977 et restera en vigueur jusqu’en 1990. L’état dirige tous les secteurs de l’économie, conduit la réforme agraire et développe l’industrialisation.

En février 1990, une Conférence nationale abroge la Constitution et met en place de nouvelles institutions pour une période transitoire : création notamment d'un poste de Premier ministre, abandon de la référence «populaire» dans la dénomination du pays qui devient la République du Bénin. Suite à l'élection présidentielle de mars 1991, M. Nicéphore Soglo a remplacé Mathieu Kérékou à la présidence de la République. Ce dernier est élu à son tour en mars 1996 puis réélu en mars 2001 et dirige actuellement le pays.